Высшим органом управления "Европейского дома" является Административный Совет, состоящий из 15 членов. Административный Совет занимается вопросами бюджета, приема новых членов, а также принимает решения по основным направлениям политики и деятельности Организации.

Исполнительный орган в Москве представлен Генеральным директором - Шубиной Татьяной.

Это постоянно действующий орган "Европейского дома" занимается исполнением решений Административный Совет и Генеральной Ассамблеи.

Европейский дом имеет комитет патроната, объединяющий европейских персоналий из числа политиков, общественников и деятелей культуры, носящий рекомендательный характер в рамках миссии организации.
Но этим его функции не исчерпываются: он также может представлять свои предложения, определяющие среднесрочную и долгосрочную политику Организации.